<address id="zjf5n"><nobr id="zjf5n"><meter id="zjf5n"></meter></nobr></address>
    <address id="zjf5n"><address id="zjf5n"><nobr id="zjf5n"></nobr></address></address>
      <strike id="zjf5n"><mark id="zjf5n"><meter id="zjf5n"></meter></mark></strike><sub id="zjf5n"><address id="zjf5n"><nobr id="zjf5n"></nobr></address></sub>

        <address id="zjf5n"><address id="zjf5n"></address></address><address id="zjf5n"><nobr id="zjf5n"><progress id="zjf5n"></progress></nobr></address><form id="zjf5n"></form>

        <address id="zjf5n"></address>

        服务热线400-065-1811

        产品简介

        DNA甲基化(DNA methylation)是基因调控的手段之一,在维持细胞正常功能、传递基因组印记、胚胎发育、肿瘤发生等方面起着至关重要的作用,更是表观遗传学研究的热点。全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)作为甲基化测序的“金标准”,对有参考基因组的物种在全基因组水平进行全面、高效、高准确度的甲基化研究,从而构建单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化水平图谱。

        哺乳动物DNA甲基化主要为CG型,而富含CpG二核苷酸的CpG岛常位于转录调控区附近,与56%的人类基因组编码基因相关。上海烈冰与Agilent公司联手推出的CpG岛精准甲基化测序,采用SureSelect系统进行靶标富集,全面覆盖基因组中最具表观遗传学研究意义的区域,极大提高测序数据有效性,达到单碱基分辨率,同时降低成本,缩短测序时长,实现多样本实验。


        A workflow for Bisulfite Sequencing

        我们的优势

        1. 精准覆盖:采用SureSelect靶标富集系统,可覆盖370万CpG,包括CpG岛、GENCODE启动子、癌症以及组织特异性DMR等,对具有生物学意义的甲基化位点实现全面覆盖;

        2. 高深度:只需10Gb数据可达100×覆盖深度,是普通测序深度的3倍,极大提高了对低频甲基化位点的探测率;

        3. 高灵敏度:采用Bisulfite转化前捕获,对甲基化和非甲基化均等捕获;单碱基分辨率,可精准检测每个胞嘧啶的甲基化状态;

        4. 低成本、高效率:使用液体捕获技术,大大提高捕获效率;同时靶标区域的选择策略可降低成本,得以实现多样本快速实验;

        样本要求

        组织样品≥50mg

        DNA样品

        1. 请提供总量≥3μg/样本,浓度≥100ng/μL的DNA;

        2. OD260/280介于1.8-2.0之间;

        3. 电泳检测无明显RNA污染,基因组条带清晰、完整,无降解;

        4. 送样时请标记清楚样品编号,管口使用Parafilm膜密封;

        5. 样品保存期间切忌反复冻融;

        6. 送样时请使用干冰运输。

        注:不同样品之间存在差异,详情请向烈冰咨询

        实验流程


        1. DNA提取及质控:凝胶电泳质控→Nanodrop质控→Agilent 2200质控;

        2. DNA超声片段化:片段化后,末端修复加A,并连接甲基化接头;

        3. SureSelect靶向捕获:单链RNA探针杂交进行液相捕获;

        4. Bisulfite转化:靶向捕获之后进行BS转化,降低甲基化偏好性和DNA损伤;

        5. 加接头扩增:捕获之后进行PCR扩增文库构建,降低PCR偏好性;

        6. 上机测序:烈冰建议选择NovaSeq,双端测序,通量大,碱基精度高,而且成本低,速度快。数据量:10G。

        数据分析流程

        结果示例

        1、原始数据质量控制
        针对过短序列,污染序列,尾端低质量序列,进行下机原始数据(Raw Data)的过滤,并采用Fastp对于过滤前后的数据进行质控,得到碱基质量,GC含量,长度分布等分析结果。图1部分展示Raw Data的质量控制结果。

        碱基质量结果图

        注:左图横坐标代表碱基位点,纵坐标代表碱基质量值,不同颜色曲线代表不同碱基在每条read上的质量值;右图横坐标代表碱基位点,纵坐标代表碱基含量比值,不同颜色曲线代表不同位点各碱基含量。



        2、序列比对(DNA Mapping)
        采用Bismark等软件将过滤后的数据链特异性地比对到参考基因组上,得到5mC的甲基化类型、状态、比例,用于后续甲基化水平、分布及差异甲基化分析。采用Samtools工具,对于基因组比对文件,进行排序并建立索引。

        比对流程

        注:该图为Bismark比对原理图


        3、甲基化水平及分析
        采用Bismark算法对5mC鉴定分析结果进行甲基化类型、水平和分布的分析,得到在不同样本中的甲基化类型、水平及其基因组上的分布情况。

        CpG位点在基因组上的分布

        Li J et al., Genome Research. 2019

        注:该图对比了GPSWGBS检测出的CpG位点在基因组上的分布情况



        4、样本相关性、聚类、PCA分析
        以每一个样本的5mC鉴定分析结果为研究对象,采用PCA降维算法,Pearson相关性系数,K-Mean聚类等多种算法,对于每一个甲基化测序样本的甲基化程度以及样本相关性进行描述,得到样本的关联结果。

        多样本间甲基化相关性分析

        Wan et al., Sci Rep. 2016

        注:该图展示了罗非鱼骨骼肌雌雄两性间CpG甲基化的Pearson相关性


        5、差异甲基化区域(DMR)筛选
        以每一个样本的5mC鉴定分析结果为研究对象,采用Methykit算法,对于差异甲基化区域进行分析,得到不同样本间差异的甲基化区域。

        CIRCOS:差异甲基化区域

        Yizan Ma et al., Plant Cell. 2018

        注:通过绘制可视化Circos图,展示了常温(NT)和高温(HT)处理对不同品系棉花(84021和H05)花药不同时期DMR在染色体上的分布情况



        6、DMS/DMR相关基因分析
        依据DMR注释获取DMR相关的基因群,然后针对该基因群进行相关基因群的GO、KEGG Pathway和PPI分析。

        DMR相关基因群PPI分析

        注:基于DMS/DMR注释基因的GO条目和Pathway条目,我们可以根据其上下级调控关系绘制GO-Tree和Pathway-Act-Network,并基于STRING数据库进行PPI分析



        高级数据分析
        1、差异甲基化区域(DMR)注释
        采用ChipSeeker算法,对于差异甲基化区域进行注释分析,得到DMR对应的基因以及所在的基因结构,包括启动子、外显子、内含子、基因间区等。

        不同样本CG-DMR的基因组分布

        Rizzardi LF et al., Nat Neurosci. 2019

        注:该图通过聚类分析展示了不同Cell typeneuronal中的CG-DMR在基因组结构上的分布情况



        文献示例

        [1] Ai T, et al. DNA methylation profile is associated with the osteogenic potential of three distinct human odontogenic stem cells. Signal Transduct Target Ther. 2018. Jan 12;3:1.


        [2] Liu H, et al. Integrative analysis of DNA methylation, mRNAs, and small RNAs during maize embryo dedifferentiation. BMC Plant Biol. 2017 Jun 15;17(1):105.


        [3] Fang X, et al. Comparative genome-wide methylation analysis of longissimus dorsi muscles between Japanese black (Wagyu) and Chinese Red Steppes cattle. PloS One. 2017 Aug 3;12(8):e0182492.


        [4] Wang Z, et al. Decreased Methylation Level of H3K27me3 Increases Seizure Susceptibility. Mol Neurobiol. 2017 Nov;54(9):7343-7352.


        [5] Cheng J, et al. SUMOylation of MeCP2 is essential for transcriptional repression and hippocampal synapse development. J Neurochem. 2014 Mar;128(6):798-806.

        幸运飞艇公式微信群 红烧香竹鼠网| 烩银耳网| 财富通网| 红松鳜鱼网| 五彩牛肉丝网| 京东商城| 泸州网| 乌鲁木齐信息港| 桔子盏网| 酥炸春花肉网| 熘鲜蘑网| 酷讯工作搜索| 豆角炒肉片网| 炖肉网| 荆楚网| 西红柿肉片汤网| 麻油鸡网| 松下手机网| 罐儿野鸡网| 兰花豆干网| 苹果炖鱼网| 黄河网| 麻酱笋尖网| 长春信息港| 易才网| 盐步秋茄网| 苦瓜木棉花煲牛肉汤网| 桔子盏网| 樟茶鸡网| 粉丝焗膏蟹网| 戏曲大全| 玉溪新闻网| 郴州英才网| 爱拍就拍交友| 中国政府上网工程| 中国最高人民法院| 菜蟒网| 烟熏排骨网| 证券| 干贝汤网| 麻婆豆腐网|